De huidige centra geestelijke gezondheidszorg kennen een zeer lange geschiedenis. Belangrijk ijkpunt in die geschiedenis is de erkenning en subsidiëring van de diensten geestelijke gezondheidszorg die wettelijk geregeld werd bij Koninklijk Besluit van 20 maart 1975.
Reeds vóór het KB van 1975 bestonden er de zogenaamde dispensaria voor geesteshygiëne. Die waren in de jaren net voor de Tweede Wereldoorlog ontstaan op initiatief van de Belgische Bond voor Geesteshygiëne. De overheid subsidieerde de werking, zodat hulpverlening gratis aangeboden werd. Men werkte met een sterke focus op preventie en het vroegtijdige opsporing van psychische problemen. Via een Koninklijk Besluit van 1953 kregen deze dispensaria een wettelijke basis. Met het nieuwe KB van 1975 werd die uitgebreid en wijzigde de naam naar diensten geestelijke gezondheidszorg. Het zijn tweedelijns voorzieningen, cliënten komen voornamelijk op doorverwijzing van bv. hun huisarts. Er wordt sterk ingezet op een multidisciplinair aanbod waarbij hulpverlening aandacht heeft voor de medische, psychologische en sociale aspecten van een problematiek. Na 1975 zijn er in Vlaanderen 84 erkende diensten voor geestelijke gezondheidszorg met jaarlijks ongeveer 50.000 cliënten die van hun hulpverlening gebruik maken. Daarmee zijn het kleine visjes in de vijver van de geestelijke gezondheidszorg, die vooral gedomineerd wordt door de psychiatrische instellingen en de PAAZ-diensten (de psychiatrische afdelingen in algemene ziekenhuizen).

De diensten geestelijke gezondheidszorg vielen voor 1948 administratief onder het ministerie van justitie, nadien onder het Ministerie van Volksgezondheid. Er zijn veel raakvlakken met sociaal werk. Niet alleen zijn sociaal werkers aan de slag als hulpverleners in de diensten geestelijke gezondheidszorg. Ook de afbakening van welke cliënten in het ambulante welzijnswerk terechtkomen, en welke bij de diensten geestelijke gezondheidszorg, is erg onduidelijk. De belangrijkste taken van de diensten geestelijke gezondheidszorg zijn het verstrekken van algemene psychische hulp en begeleiding, het organiseren en verstrekken van bijzondere hulp en begeleiding voor specifieke leeftijdsgroepen en het meewerken aan preventieve activiteiten. De problematieken waarmee cliënten komen zijn voornamelijk relatieproblemen, psychische problemen en verwerkings- of gedragsproblemen. Sommige centra bieden ook verslavingszorg aan (zoals het Antwerpse VAGGA) of maken er hun specialiteit van (zoals de Limburgse CAD), anderen kiezen heel andere aandachtsgebieden en laten verslavingszorg over aan de andere centra of gespecialiseerde organisaties zoals Free Clinic. Andere thema’s die van sommige diensten extra aandacht krijgen zijn hulpverlening aan gedetineerden of ouderen.

In 1999 volgt een hervorming van de sector middels een nieuw decreet op de geestelijke gezondheidszorg. Belangrijkste gevolg is een schaalvergroting van een tachtigtal centra naar (momenteel) twintig centra. De naam wijzigt opnieuw naar centra geestelijke gezondheidszorg. Een deel van deze twintig CGG’s is aangesloten bij Zorgnet Vlaanderen, anderen bij de Federatie Diensten Geestelijke Gezondheidszorg. Het aantal cliënten is ondertussen gestegen tot ongeveer 55.000 per jaar.
Recente ontwikkelingen in de sector zijn het outreachend werken om psychische problemen zo vroeg mogelijk te detecteren en de uitbouw van zogenaamde zorgcircuits en zorgnetwerken. Die moeten zorg over meerdere aanbieder efficiënt en effectief op elkaar afstemmen vanuit de vermaatschappelijkingsvisie.