Vanaf de jaren negentig veranderde het landschap grondig. De apart gegroeide private en openbare sociale diensten, opbouwwerkorganen en begeleidingsdiensten werden gestroomlijnd en uit hun vrije baan gehaald.
In maart 1989 produceerde de Vlaamse regering haar eerste welzijnsoverstijgende nota Migrantenbeleid. Aansluitend daarop verscheen op 18 juli 1990 het besluit voor de integratiecentra.
Over heel Vlaanderen werd een netwerk van centra georganiseerd. Elke regio kreeg een Regionaal Integratiecentrum met daarnaast Lokale Integratie Centra. Overkoepelend verscheen het Vlaams Centrum voor Integratie Migranten.
De eerste beweging is die van het omvormen en aan elkaar koppelen van bestaande werkingen. In Limburg wordt de Provinciale Onthaaldienst Gastarbeiders een Provinciaal Regionaal IntegratieCentrum, in Antwerpen krijgt het Centrum voor Buitenlandse Werknemers een regionale coördinatieopdracht, in Oost-Vlaanderen start het Regionaal Integratiecentrum Migranten, gevestigd te Sint Niklaas. De Foyer neemt die regionale taak op in Brussel en er komt ook nog een Brabants centrum in Vilvoorde, later in Leuven.
De LIC's worden geacht het lokaal samenleven te bevorderen en starten vanuit losse kinder- en vrouwenwerkingen, buurtwerkingen, schoolopbouwwerk. Zo kreeg Antwerpen 7 wijkgerichte centra en Oost-Vlaanderen gemeentelijke centra te Aalst, Lokeren, Dendermonde, Sint-Niklaas, Temse, Ronse en Zele.

De onderliggende boodschap bij de integratiestrategie is dubbel: verspreide aanpak afbouwen, professionalisering en afstemming bevorderen. De richting is werken aan het concrete samenleven van allochtonen en autochtonen.
Het sluitstuk van deze operatie is de uittekening van een eerste omvattend Vlaams beleid in 1992 met een regeerakkoord dat de aanpak van sociale uitsluiting centraal stelt. Ondertussen heeft Zwarte Zondag (24 november 1991) de opgepotte stoom van misnoegde Belgen geventileerd en wordt er haast gemaakt van antwoorden. Op 1 oktober 1993 wordt het Belgisch Centrum voor Gelijkheid van Kansen en voor Racismebestrijding - opvolger van het Koninklijk Commissariaat - operationeel.

Een aantal bijkomende beleidsdaden ronden ook in 1993 de eerste basis van een eigen Vlaams migrantenbeleid af met:
a. een integratiebeleid als onderdeel van het zgn. gelijke kansenbeleid voor doelgroepen die maatschappelijke ongelijkheid ondergaan en een cultuurbeleid met het oog op de eigenheid van de etnisch-culturele minderheden. Ter ondersteuning van migrantenverenigingen wordt eind 1993 het Intercultureel Centrum voor Migranten opgericht;
b. een inclusief beleid: elk beleidsgebied moet mee deze doelgroep voor ogen houden als een inherent onderdeel van de beoogde sociale en economische ontwikkeling. De coördinatie ligt bij de minister van Welzijn, de administratieve regeling gebeurt door de Interdepartementale Commissie Migranten.
Eind jaren negentig wordt de beleidsinvalshoek herschikt in een 'Minderhedenbeleid' (niet langer: integratiebeleid!) met het Minderhedendecreet van 28 april 1998.

De praktijk verschuift mee: van zoekende sociale ondersteuning naar een meer gerichte terreinspecifieke aanpak. Eén van de bepalende factoren daarin wordt de groei van de gemeentelijke en stedelijke integratiediensten naast de integratiecentra. Ook de benaderingswijze verandert. Waar eerst integratie begrepen werd als het helpen bij het veroveren van een plek, wordt dat nu geïnterpreteerd als het berekend aanreiken van specifieke instrumenten om die plek zelf te realiseren: taalvaardigheid, onderwijs, werk, oriëntatie op samenleven. De beleidslijnen van de Vlaamse overheid zijn het referentiepunt. Een tweede verschuiving is dat de doelgroep verandert. Het eerste lossere integratiewerk was vooral gericht op Italiaanse, Marokkaanse en Turkse migranten. Vanaf de vormgeving van de 'integratiesector' is integratie ook gericht op alle nieuwkomers (ook vluchtelingen en asielzoekers). Inburgering wordt de optiek.